La discografía de la Orquesta supera ya las cuarenta grabaciones. En su producción figuran una colección de compositores vascos, que con el apoyo de Grupo Mondragon se ha convertido en un testimonio de referencia y reflejo de la Orquesta como difusora del patrimonio sinfónico vasco, monográficos, música infantil o registros de obras de autores de muy diversa índole, desde cantautores vascos hasta compositores de renombre internacional. Muchos de los discos de la Orquesta recogen obras que han sido grabadas por primera vez, como es el caso de la ópera Gernika de Francisco Escudero, una de las obras cumbre de la creación musical vasca del siglo XX.
Sofia Gubaidulina: Kadenza
2011
Kadenza es el fruto de una nueva apuesta de la Orquesta de Euskadi por la música contemporánea de primer nivel, representada en este caso por Sofia Gubaidulina (Cristopol, República de Tartaristán, Federación Rusa, 1931). Aunque al tratarse de música contemporánea pueda resultar paradójico, nos encontramos ante la obra de una compositora que es ya una leyenda de la música. Además ha contado para su realización con dos intérpretes vascos de altura: el acordeonista Iñaki Alberdi y el cellista Asier Polo; en la intensa labor desarrollada por estos dos solistas de reconocida trayectoria internacional junto a la propia autora reside uno de los grandes valores de esta grabación. Completa el elenco un grupo de cuerda formado por quince miembros de la Orquesta de Euskadi. Todos, bajo la dirección de José Ramón Encinar.
Discográfica: ET'CETERA
SGAE RRDD/1/899/0109

2011
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Discográfica: ET'CETERA
2010
La 3ª Sinfonía, Harri zuria (piedra blanca), de Illarramendi fue (...)
Discográfica: Nuba Records/Karonte
2009
Disco editado por Caja Laboral para conmemorar su 50 aniversario.
Discográfica: Classic World Sound