La discografía de la Orquesta supera ya las cuarenta grabaciones. En su producción figuran una colección de compositores vascos, que con el apoyo de Grupo Mondragon se ha convertido en un testimonio de referencia y reflejo de la Orquesta como difusora del patrimonio sinfónico vasco, monográficos, música infantil o registros de obras de autores de muy diversa índole, desde cantautores vascos hasta compositores de renombre internacional. Muchos de los discos de la Orquesta recogen obras que han sido grabadas por primera vez, como es el caso de la ópera Gernika de Francisco Escudero, una de las obras cumbre de la creación musical vasca del siglo XX.
RAMON LAZKANO: Hauskor. Ortzi Isilak. Ilunkor
2009
1. Hauskor, para ocho violoncellos y orquesta
2. Ortzi Isilak, para clarinete y orquesta
3. Ilunkor, para orquesta
Cello Octet Amsterdam
Ernesto Molinari, clarinete
Johannes Kalitzke, director
Discográfica: Kairos Music Production
SGAE RRDD/1/899/0109

2009
1. Hauskor, para ocho violoncellos y orquesta
2. Ortzi Isilak, para clarinete y orquesta (...)
Discográfica: Kairos Music Production
Gernika. Ópera en cuatro actos
2008
Director: José Ramón Encinar (...)
Discográfica: Universal (Decca)
Colección de Compositores Vascos, Vol. 11
2008
Director: Arturo Tamayo
Frédérique Cambreling, arpa; Asier Polo, (...)
Discográfica: Claves