Orkestraren diskografia dagoeneko berrogei grabaziok baino gehiagok osatzen dute. Bere produkzioan euskal konpositoreen bilduma du. Mondragon Taldearen laguntzarekin, bilduma hori gure orkestraren erreferentziazko testigantza eta isla bihurtu da, euskal ondare sinfonikoaren, monografikoen, haur-musikaren eta askotariko egileen -euskal kantautoreak eta nazioartean ospea duten konpositoreak, besteak beste- obren erregistroen hedatzailea den aldetik. Orkestraren disko askotan, lehen aldiz grabatu diren obrak biltzen dira. Horietako bat Francisco Escuderoren Gernika opera da, euskal musika-sorkuntzak XX. mendean izan duen obra gorenetako bat.
Sofia Gubaidulina: Kadenza
2011
Kadenza Euskadiko Orkestrak lehen mailako musika garaikidearen alde egindako apostu berriaren emaitza da, oraingoan Sofia Gubaidulinaren (Cristopol, Tartaristango Errepublika, Errusiar Federazioa, 1931) lana bildu duelarik. Musika garaikideaz ari garenez paradoxa badirudi ere, musikaren mito bihurtu den konpositore baten lana dugu aurrean. Gainera diska hau gauzatzeko goi mailako bi euskal interprete izan ditu lankide: Iñaki Alberdi akordeoijotzailea eta Asier Polo biolontxelojotzailea; nazioarte mailako ibilbidea duten bi musikari hauek Sofia Gubaidulinarekin berarekin egindako elkarlan nabarmena da grabaketa honen balio nagusienetako bat. Musikari taldea Euskadiko Orkestrako hainbat kidek osatutako hari talde batek osotzen du. Guztiak José Ramón Encinar maisuak zuzenduta.
Diskoetxea: ET'CETERA
SGAE RRDD/1/899/0109

2011
Kadenza Euskadiko Orkestrak lehen mailako musika garaikidearen alde egindako apostu (...)
Diskoetxea: ET'CETERA
2010
Illarramendiren 3. Sinfonia, Harri zuria obra 2009ko maiatzaren 23an grabatu zen, (...)
Diskoetxea: Nuba Records/Karonte
2009
Euskadiko Kutxak bere 50. urteurrena ospatzeko argitaratutako diska.
Diskoetxea: Classic World Sound