La discographie de l'Orchestre dépasse désormais les quarante enregistrements. Dans sa production, on retrouve une collection de compositeurs basques qui, grâce au parrainage de Grupo Mondragon s'est convertie en un témoin et un reflet de l'Orchestre pour la diffusion du patrimoine symphonique basque, des monographies, de la musique pour les enfants ou des enregistrements d'auteurs de genres divers, depuis des auteurs-interprètes basques jusqu'à des compositeurs de renommée internationale. Plusieurs des disques de l'Orchestre contiennent des oeuvres enregistrées pour la première fois; c'est le cas par exemple de l'opéra Gernika de Francisco Escudero, l'un des chefs d'oeuvre de la création musicale basque du XXe siècle.